Второй текстурой я делаю ARMOR_LOWER, т.к. эта текстура такого же размера, что и
ARMOR_UPPER (верх(торс)и низ (штаны))

Общие замечания:
Если делать текстуры таким способом, всегда оставляйте слой с полной текстурой, которую будете использовать, что бы перекрыть какие то элементы
Т.е. создав текстуру в слое, продублируйте её и уже с копией слоя работайте дальше. А оригинал просто отключите. Затем, когда вы будете текстурить оставшиеся части брони, у вас уже будет готовая текстура.
После того как будет готова ARMOR_UPPER, остальные текстуры сета будет легче делать т.к. вы уже определили отдельные элементы брони и у вас уже есть текстуры.
Останется только вырезать в каждой из частей сета, такие же элементы и перекрыть или перекрасить слоями.

Чаще заходите в игру, что бы проверить результат. Очень часто текстура здорово выглядит в фотошопе, а в игре результат плохой, что бы исключить этот момент, просто проверяйте в игре, как смотрится то, что вы сделали.

В игре я использовал текстуры повышенного качества, как описывал тут

1)Что такие Overlay,Colour dodge?
2)По какому принципу лучше разбить по слоям?
3)Каким Инструментом Лучше разбивать по слоям?
4)Как именно перекрашивать слои(узоры или вручную?)?
5)Как добавить на верхнюю панель узоры?
6)Респ а что русик не поставишь?

Это смешание слоев. В английской версии так звучит. если по русски - то Overlay - перекрытие.

Видишь выделенно восклицательным знаком? Вот тут и меняется смешание слоев. Смешивать нужно верхний слой.

2)По какому принципу лучше разбить по слоям?

Я смешиваю, по принципу рельефа текстуры. Т.е. Если на текстуре прони присутсвуют например три цвета: Красный, Синий, зелёный. То соответственно я буду в разные слои я буду вырезать части одного цвета (1слой - будет с элементами красного цвета, 2слой - с синими и 3слой с зелёным.)
Например: Если взять на обработку фото с фруктами в вазе на столе(яблоки, груши, апельсины) и стоит задача перекрасить апельсины в синий цвет, то сначало нужно вырезать апельсины в отдельный слой, а потом перекрашивать уже.

3)Каким Инструментом Лучше разбивать по слоям?

Только вырезать.
Я использую инструмент Poligonal Lasso Tool (L)

4)Как именно перекрашивать слои(узоры или вручную?)?

Всё зависит от фантазии и от того, что именно ты хочешь получить в результате.
Надо помнить, что дефолтные текстуры в РФке, весьма маленького разрешения и в игре мелкие детали будут размываться (Ситуацию выправляет слегка повышение размеров текстур. Как, я писал) А вообще я комбинирую способы при рисовании.
Большие части однородных текстур, обычно заливаются какой либо текстурой (а потом используется смешание слоев(предварительно изменив, например обесцветив основу))

5)Как добавить на верхнюю панель узоры?

Не понял вопроса

6)Респ а что русик не поставишь?

Когда я учился работать с Фотошопом, в инете мало было толковых русскоязычных уроков, в основном на английском (:
Поэтому привык к английскому интерфейсу